La estructura organizacional es altamente sensible a los flujos de información, un tema en donde los sistemas de información abren paso y en el cual la estructura organizacional queda expuesta a cambios con el objeto de cumplir los objetivos trazados.

La complejidad de las tareas y procedimientos, en manipulación de la información, organización, puesta en marcha y respaldo de los mismos crean organizaciones mas exigentes y estructuraciones mas flexibles.

En este sentido las organizaciones se ven confrontadas a obtener información de cualquier área de la empresa, tomar decisiones rápidas, ágiles y complejas y adaptar sus estructuras a cambios rápidos.

Es por ello que los sistemas de información han creado sistemas integrales, aun cuando las empresas estén separadas en áreas o departamentos, la transmisión de información pasa a ser un flujo constante en el que, tanto el compartir como proteger la información entre departamentos de una misma organización, favorece a los usuarios a la hora de tomar decisiones.

Los sistemas de información tienden a organizar los recursos de la organización en dos áreas, la centralizada (técnicos) y las descentralizadas (usuarios), teniendo como base el cumplimiento de normativas y estándares aprobados, el desarrollo de investigación y actualización de formación, y ayuda a los recursos humanos en las nuevas tecnologías de información, y luego las unifica enlazándolas con redes tecnológicas de comunicación provocando muchas veces un impacto en la estructura estratégica de la organización

Por ejemplo, a nivel de usuarios, puede realizar que operen varios procesadores que funcionen independientemente de otros o bien que cada unidad o proceso tenga sus propios procedimientos de análisis, o que las bases de datos y aplicaciones se produzcan en cada unidad. De esta forma se presentaran ventajas en que los usuarios trabajaran directamente con el computador, satisfaciendo sus necesidades, por otra parte disminuyen los costos en software y componentes hardware y aumentan las capacidades de almacenamiento y velocidad de los microordenadores como también la opción de ampliación de capacidad u otros por medio de lo modular de los componentes. También existen ciertas desventajas que se podrían presentar a la hora de compatibilizar los software y hardware y por ende el encarecimiento de los costos de comunicación. A nivel de técnicos existen otras características con respecto a de los usuarios ya que son los primeros quienes son responsables de los temas relacionados con los sistemas informativos y manejan los procedimientos y controles que gestionan los procedimientos y controles que gestionan los análisis y diseños de los sistemas organizacionales donde los datos están bajo el control de un área o departamento. Las principales ventajas que se presentan a nivel técnico son que el diseño del sistema es llevado a cabo por profesionales altamente cualificado, por esto mismo es mas sencillo conseguir que el hardware y el software sean compatibles, existe mayor facilidad a la hora de realizarse auditorias e integración de datos y un menor nivel de redundancias en los datos. Por otra parte los inconvenientes que se pueden presentar estan dados por los grandes retrasos en el diseño de aplicaciones o por la posibilidad de favorecer a otras áreas perjudicando a las demás.

Los recursos que entrega los sistemas de información a la organización son variados entre estos: Análisis, diseño e implantación de los sistemas; instalación y mantenimiento de software y hardware..

Como consecuencia de la implantación de un sistema de información, surge el centro de información, que es el departamento o grupo de individuos cuya función es ayudar a potenciar la informática hacia el usuario final, como medio de solucionar algunas de sus preguntas y que no pueden solventar los departamentos anteriores.

Así según va creciendo y fluyendo la información y al mismo la utilización de la informática aparece una nueva función que es la gestión y administración de las bases de datos corporativas. Con esta función se consigue proporcionar los datos que básicamente necesitan los usuarios de cualquier área, en un formato predeterminado (hojas de calculo por ejemplo o programas específicos, etc.)

Volviendo al tema de la estructura organizacional la modifica mediante la creación de comités que se encarguen de administrar las tecnologías de información, cuya  función será la de escoger aquellos proyectos qe sean importantes a nivel estratégicos o de negocios y no tan importantes a nivel puramente informático. Este comité no intervendría en la gestión de los recursos ni en los estados de los proyectos, pero hacen que se garanticen estos y que se adapten a la realidad

Se habla en este sentido de la rigidez que podría producir el hecho de ubicar permanentemente a especialistas en la organización, ya que podria provocar carencia de motivación para poner en marcha nuevas ideas e incluso la creación y iseño de nuevas aplicaciones, por eso es necesario la creación de grupos o equipos de trabajo, para dotar a la estructura organizativa de los recursos del sistema informativo, mayor flexibilidad y creatividad, en la gestión de los proyectos.

Si bien no todas las organizaciones son iguales y por ende no se provocaran los mismos cambios en cada una de ellas se debe considerar el entorno (sector al que pertenecen ya sea químico, farmacéutico, etc.), el tamaño de la organización y la evolución y utilización de los sistemas de información de los miembros de la compañía.